La Academia Nacional de Medicina tiene ámbito nacional y como domicilio en la ciudad de Lima.
Sede institucional: Casa de Osambela-Oquendo
Durante el gobierno de transición del Presidente Valentín Paniagua se expidió la Resolución Ministerial N° 346-2001-ED, del 16 de julio de 2001, mediante la cual se incorpora a las Academias Nacionales de Medicina, de Historia, de la Lengua, de Ciencias y de Ingenieria, al grupo de instituciones que utilizarán el inmueble del Centro Cultural Inca Garcilazo de la Vega (Casa Osambela-Oquendo) como sede institucional. Gracias a esta resolución, la Biblioteca de la Academia se ha trasladado a dicho centro cultural y ha quedado instalada en el primer piso del edificio.
Sede central administrativa
Por acuerdo con el Colegio Médico que data del año 2010 la ANM ocupa un espacio proporcionado gentilmente en el 8° piso del Centro de Convenciones Daniel A. Carrión, sito en avenida 28 de julio N° 776, Miraflores. Asimismo el Colegio Médico del Perú proporciona a la ANM los ambientes y auditorios requeridos para las diversas actividades científicas, institucionales y culturales de nuestra organización incluyendo las facilidades audiovisuales necesarias. En esa sede se alberga la Biblioteca contemporánea de la ANM.