Nace en Lima en 1860, ingresa a la Facultad de Medicina y siendo aun estudiante funda con Francisco del Barco, David Matto y Emilio García la Sociedad Médica Unión Fernandina en 1883. A partir de la Unión Fernadina y como su órgano de difusión fundan “La Crónica Medica”, uno de las publicaciones medicas de mas larga duración en la Bibliografía nacional y lugar donde se difundieron los notables adelantos de la época en las diversas especialidades. 
Cuando se produce la destitución del Dr. Odriozola como Decano de la Facultad, se incorpora como miembro fundador de la Academia Libre de Medicina, y se mantiene como un miembro destacado cuando se convierte en Academia Nacional de Medicina, iniciando así una carrera de promotor e integrante de diversas asociaciones médicas.  En su carrera docente se inclina a dos cátedras y en ambas su labor es fundamental, la Clínica de Mujeres, precursora de la Gineco-Obstetricia, y la cátedra de Medicina Legal y Toxicología la que ocupó durante 30 años. En el campo de la Medicina Legal es considerado el iniciador de la especialidad en el Perú, se desempeña durante años como Director de la Morgue de Lima, que hoy como Instituto, lleva su nombre. 
En la Academia Nacional de Medicina llegó a ser secretario perpetuo y luego dos veces presidente de la corporación entre 1925-1926 y 1927-1928, falleció a los 86 años en 1946. Tuvo tres hijos, uno de los cuales el Dr. Leonidas Avendaño Hubner, también se incorporó a la Academia Nacional de Medicina y llegó a ser su presidente.